Son territoire est créé par détachement du Diocèse de Liège, lequel demeure suffragant de Cologne, tandis que le nouveau Diocèse de Namur devient suffragant de l'Archidiocèse de Cambrai.
Après la période de troubles liés à la Révolution française, le Concordat de 1801 apporte une nouvelle organisation et le Diocèse de Namur se trouve réduit au seul département de Sambre-et-Meuse et devient suffragant de Malines (Mechelen).
De 1823 à 1840, son territoire est augmenté de celui de l'actuel Grand-Duché de Luxembourg. Puis, après la séparation luxembourgeoise, en 1843, un échange de paroisses avec Liège pose, à quelques détails près, qui feront l'objet de rectifications en 1903 et 1977, les actuelles frontières du Diocèse.